Po niekoľkých mesiacoch sa jeho slobodný život skončil, pričom na jeho opätovné zadržanie mala zásluhu aj snaha vtedajších politikov, ako Mikuláš Dzurinda či Daniel Lipšic. V marci 2003, po sérii nešťastných udalostí a stále viac sa hromadiacich dôkazoch, sa Černák ocitol na úteku, no čoskoro ho dolapila česká polícia. Dôkazy a výpovede svedkov, ktorí mali buď skúsenosti s jeho kriminálnou činnosťou, alebo ho pozorovali z opačnej strany zákona, nakoniec poslúžili polícii a súdom na to, aby mafiána, ktorý sa narodil v roku 1966 a nosil znamenie Strelca, odsúdili na doživotie.
Černák sa dodnes priznal k 16 vraždám – konkrétne k 14 dokonaným a dvom pokusom. Podľa zdrojov z podsvetia však mohol mať na svedomí až 20 či 30 vrážd, niektoré odhady hovoria dokonca o 33 obetiach. Jeho súdny proces trval neuveriteľných 12 rokov, pričom aj spoza mreží dokázal riadiť svoju zločineckú sieť a objednávať vraždy.
Jedným z najdesivejších činov Černákovcov bola poprava bývalého policajta Gustáva Slivenského. Po jeho vražde mu odrezali hlavu a nechali ju vystavenú na aute pred jeho panelákom v Poprade.