Môže dôjsť k zápalom, nepravidelnému vyprázdňovaniu či dokonca k črevnej nepriechodnosti.

Tieto komplikácie môžu vyústiť do chronického zápalového ochorenia čriev, ktoré výrazne zvyšuje riziko rakoviny – údajne až 32-násobne.
6. Respiračné infekcie po anestézii
V prípadoch, kde sa pri zákroku používa celková anestézia, existuje riziko rozvoja infekcie dýchacích ciest, najmä u starších pacientov. Štatistiky hovoria, že u každého štvrtého pacienta sa po narkóze vyvinie zápal pľúc, ktorý môže mať smrteľné následky – najmä u seniorov s oslabenou imunitou.
7. Riziko trombózy a embólie
Celková anestézia môže prispieť k vzniku krvných zrazenín, ktoré môžu putovať do pľúc a spôsobiť život ohrozujúcu embóliu. V Spojených štátoch amerických sú tieto komplikácie podľa odhadov zodpovedné za približne 200-tisíc úmrtí ročne.
8. Chyby počas výkonu
Ďalším rizikovým faktorom je ľudský omyl. V USA každoročne dôjde až v 70-tisíc prípadoch k poškodeniu pacienta v dôsledku nesprávneho postupu lekára počas kolonoskopie. Po započítaní nehlásených prípadov sa reálne číslo môže vyšplhať až na 280-tisíc, čo by v prepočte na Slovensko znamenalo približne 14-tisíc pacientov ročne, teda asi 2 % všetkých vyšetrení.