Peter Mikulík režíroval predstavenia Lasicu a Satinského v bratislavskej Tatra Revue a v roku 1966 ich vystúpenia s názvom Večery pre dvoch, programy v Divadelnom štúdiu (Nečakanie na Godota 1967, Soirée 1968, Radostná správa 1969) a v Štúdiu S (Nikto nie je za dverami, 1982). Popri tom bol tiež hercom (1962 – 1966) a na doskách SND stvárnil napríklad Gaba v hre Hamlet nemá pravdu (1962) a Zimina v Letných hosťoch (1963).
Do kolektívu renomovaných režisérov Činohry SND sa začlenil v polovici šesťdesiatych rokov. Mal rád absurdnú drámu, ale aj svetovú a slovenskú klasiku. Výnimku tvorili dva tituly – Antigona (1971) a Gavalieri (1973), ktoré svojím režijným poňatím zosúladil s myslením a cítením súčasníka.
Venoval sa komplikovaným kompozíciám
Svojou režijnou výpoveďou chcel Peter Mikulík postihnúť rozpornosť dnešného sveta. Preto i voľbou predlôh inklinoval k nezjednodušujúcim, viacvrstvovým drámam s komplikovanou kompozíciou. Vidno to v jeho hrách, ako napríklad Moriak (1963), Pán Leonida a reakcia (1965), Tango (1967), Návrat domov (1968), Dom zlomených sŕdc (1971), Brooklynská noc (1979), Sólo pre bicie (hodiny 1972), Horúci zemiak (1985) a v mnohých ďalších.
V roku 2002 získal výročnú cenu Literárneho fondu za hru Krajčírky (Jean-Claude Grumberg). Zo súčasného repertoáru Činohry SND režíroval komédiu Pamäť vody od dramatičky Shelagh Stephensonovej a slávnu Shakespearovu komédiu Skrotenie zlej ženy.
Za filmovú kameru sa postavil v roku 1965, keď natočil komédiu Stratený list. V ďalších rokoch režíroval popri divadle aj televízne inscenácie. Boli to napríklad Žena z antisveta (1969), Elektra (1978), Ťaví zadok (1979), Thibaultovci (1982), Radosť žiť (1983), Ideálny manžel (1985), Štúrovci (1991), Jahňa chudobného (1992) alebo Na konci hry (2002).
Stiahol sa z politických dôvodov
Režisér Peter Mikulík stál pri zrode Malej scény v Bratislave. V roku 1968 sa vrátil na pôdu VŠMU ako pedagóg, ale z politických dôvodov sa musel zo školy stiahnuť. Na pôdu VŠMU sa vrátil v roku 1989 – v rokoch 2011 až 2014 bol dekanom divadelnej fakulty.
Jeho zásluhou vznikol medzinárodný festival divadelných škôl Istropolitana. Neskôr stál pri zrode divadelnej prehliadky popredných českých a slovenských divadelných scén bývalého Československa s názvom Trialog. Ako šéf Činohry SND sa pričinil o kontinuitu a cieľavedome omladil divadelný súbor. Peter Mikulík a jeho manželka, herečka Zuzana Kocúriková, vychovali dcéru Katarínu, ktorá vyštudovala divadelnú dramaturgiu.
