Spolu s Miroslavom Kalouskom založili v júni 2009 stranu TOP 09 a na jej ustanovujúcom sneme 28. novembra 2009 sa Schwarzenberg stal jej predsedom. Neskôr bol aj členom Poslaneckej snemovne parlamentu ČR.
V roku 2013 kandidoval v prezidentských voľbách, v druhom kole však neuspel v súboji s víťazom – neskorším prezidentom Milošom Zemanom.
Český prezident Petr Pavel 28. októbra tohto roka Schwarzenbergovi udelil vyznamenanie Rad Bieleho leva za zásluhy v oblasti politiky, ktorý ale kvôli chorobe nemohol prevziať.
Vo februári 2023 bol hospitalizovaný kvôli upchanej tepne, v marci ho potrápil zápal pľúc. Sám o svojom zdraví naposledy informoval na sociálnych sieťach v auguste, kedy bol údajne hospitalizovaný kvôli problémom s pokožkou. Pobyt vo Všeobecnej fakultnej nemocnici v Prahe nazval „skvelou skúsenosťou“.
V roku 2022 navyše podstúpil dve náročné operácie srdca. V septembri 2018 dokonca skolaboval v Snemovni. Posledné roky kvôli neuropatiu nôh používal invalidný vozík a tiež trpel cukrovkou.
